Los estragos que ocasiono la Conquista en la poblacion indigena fueron dramaticos.
A pesar de la liberacion de los esclavos, la poblacion disminuyo debido a las enfermedades introducidas por los europeos, como la viruela, el sarampion y la gripe. Se estima que entre 1524 y 1589 la poblacion disminuyo en un 74 por ciento, principalmente a causa de las muertes por las enfermedades foraneas. Esto significo una perdida significativa de la cultura xinca.
Lo cierto es que, a finales del siglo XVII cuando Fuentes y Guzman escribio su libro, la poblacion de Los Esclavos era muy reducida, contaba con solamente 19 tributarios, lo que hace suponer un maximo de 100 habitantes xincas.
Fuentes y Guzman describio asi: «hoy es de estrecha y corta vecindad, pues no pasa de cincuenta y tres vecinos, si bien podre afirmar que fue muy numerosa, no solo por lo dilatado de sus vestigios, sino porque fueron en la conquista de Jalpatagua, los principales aliados con quienes confederados mantuvieron contra nuestros españoles la guerra» y refirio que estaban unidos por el «vinculo de la sangre».
Años despues del relato de Fuentes Guzman, Los Esclavos en 1740, estaba habitado por xincas,con un pequeño ascenso en la poblacion, pues no llegaban a dos centenares de personas.
Cuando el arzobispo Pedro Cortes y Larraz visito la region, en 1768, informo que la poblacion xinca de toda la region, incluida la aldea de Los Esclavos, ascendia a unos 1,500 individuos.