El arqueologo Manuel Colon, del Idaeh y quien se especializa en arte repestre, dice que en los ultimos años se ha visto un mayor deterioro. «Creo que los mayas pintaron mas, pero por el tiempo y la exfoliacion otras obras han desaparecido»
La destruccion de la selva es un factor negativo. Manuel Saquic, vecino de Naj Tunich, recuerda que la montaña fue devastada por el huracan Iris, en octubre de 2001. La deforestacion que causo este fenomeno se observa en la caverna. Colon explica que el agua de lluvia es perjudicial para la piedra caliza, por el gas carbonico que lleva de la superficie. Esta se filtra con mayor facilidad cuando no existe un abundante manto de vegetacion en donde los arboles absorban el liquido.
Años atras, una mision francesa especializada en el cuidado del patrimonio indico que el aire que las personas exhalan al respirar dentro de la cueva contiene dioxido de carbono, que reacciona con el ambiente humedo y produce acidos carbonicos, lo que altera el estado de la caverna. Saquic dice que eso a causado desprendimientos y, de continuar derrumbes internos, se obstruira el paso por la cueva», se juntara el techo con el suelo «, comenta.