Este mundo maravilloso de los mayas estuvo escondido bajo la selva durante centenares de años. Los habitantes de la aldea La Compuerta, la mas cercana a Naj Tunich, narran que fue redescubierta por un nativo del lugar, en 1979. Emilio Pop caminaba por ahi, no se sabe con exactitud si cazaba o buscaba arboles de chicle, cuando unos de sus perros entro en una de las aberturas de la cueva.
Al tratar de rescatarlo encontro la gran perforacion de piedra. Dias despues aviso a las autoridades entonces empezaron las investigaciones. La arqueologa estadounidense Andrea Stone hizo muchos de los estudios, los cuales fueron publicados por primera vez en la revista National Geographic, en 1981. el lugar fue declarado Patrimonio Cultural por el Ministerio de Educacion en 1985.
Ahora solo pueden ser exploradas por investigadores autorizados por el Gobierno.